Základní součástí každého zahradního jezírka je jezírková filtrace. Filtrace má za úkol čistit vodu v zahradním jezírku a udržovat její kvalitu na požadované úrovni. Jezírkové filtrace čistí vodu mechanicky (pevné nečistoty, zbytky listí, řas, kal) a biologicky (škodlivé látky, přebytečné živiny). Aby filtrace dobře fungovala a dlouhodobě udržovala v zahradním jezírku biologickou rovnováhu, musí být správně navržena na velikost jezírka a jeho účel. Jezírka s KOI a jinými druhy okrasných ryb mají vyšší nároky na filtraci než stejně velká jezírka koupací nebo pouze okrasná.
Filtraci v jezírku můžeme vyřešit třemi základními způsoby: biotopní, čerpadlové a gravitační zapojení.
Biotopní řešení jezírkové filtrace je postaveno na samočistící schopnosti jezírka za pomoci vegetace. Takto koncipované jezírko obsahuje tzv. regenerační zónu, kde dochází k mechanické filtraci nečistot pomocí kačírku a biologickému čištění vody kořeny vodních a bahenních rostlin.
U čerpadlového zapojení filtrace se čerpadlo nachází přímo na dně jezírka (obvykle v nejhlubším místě) a odsud čerpá znečištěnou vodu do filtrace, která se nachází na břehu jezírka. Z filtrace odtéká vyčištěná voda samospádem zpět do zahradního jezírka. Pokud použijeme duální čerpadlo, můžeme jedním čerpadlem nasávat znečištěnou vodu zároveň ze dna a pomocí skimmeru i z hladiny.
Gravitační zapojení filtrace (=samotíž) pracuje na principu spojených nádob. Hladina vody ve filtraci je při tomto způsobu zapojení ve stejné výšce jako hladina vody v zahradním jezírku. Filtrace je propojena s jezírkem potrubím o průměru 110 mm vytvářejícím tzv. efekt spojených nádob. Čerpadlo je umístěno až na odtoku filtrace. Jestliže na konci filtrace začne čerpadlo sát čistou přefiltrovanou vodu, začne ze spodních gulí a hladinového skimmeru v jezírku natékat do filtrace znečištěná vody s nečistotami do průměru až 100 mm! Díky tomu nejde přes rotor čerpadla hrubá nečistota = obrovská úspora obsluhy, čištění a samozřejmě i prodloužení životnosti čerpadel v porovnání s čerpadlovými filtračních systémy, kdy leží čerpadlo na dně jezírka a čerpá znečištěnou vodu do filtrace umístěné nad vodním sloupcem, přičemž je schopno transportovat nečistoty max. do průměru 15 mm! Technicky je gravitační zapojení řešeno tak, že filtrace se umístí do filtrační šachty, která je umístěná v těsné blízkosti jezírka. Filtrační šachta je překrytá molem, takže je filtrace dokonale ukrytá a neruší celkový ráz zahradního jezírka.